在鸡的养殖过程中，除选好鸡苗和饲料，科学规范的饲养管理外，消毒是预防鸡球虫病的有效措施。
1、圈舍、食具、用具用20%石灰水或30%的草木灰水或百毒杀消毒液(按说明用量兑水)泼洒或喷洒消毒。保持适宜的温、湿度和饲养密度。
2、本病流行季节，投喂维生素a、维生素k以增强机体免疫能力，提高抗体水平。
3、雏禽期可用抗球虫类药物按最佳剂量拌料投喂3-5天。
4、群体暴发球虫病时，常用下列药物予以治疗。
(1)氯苯胍为广谱抗球虫药，疗效高，毒副反应轻，适口性好，当使用其它球虫药无效时，改用本药可以奏效。每100公斤饲料用3-5克拌料，连用3-5天。
用氯苯胍1.5克，丙二醇20毫升，土温80-00毫升，加热至70℃溶解后，配成30ppm浓度的水溶液，供鸡群饮用。长期使用可能会使鸡肉(蛋)产生药味。
(2)10%盐霉素钠。每100公斤饲料用5-7克拌料投喂，连用3-5天。
(3)磺胺二甲氧嘧啶。每100公斤饲料拌药50克，连用3天，停3天再用3天(预防剂量减半)。
(4)青霉素按每公斤体重2-3万单位配合vk3针剂0.2毫克混合肌注，每天1次，连用3天。
(5)30%磺胺氯吡嗪钠粉(水溶性)。广谱高效抗球虫药，对各种球虫治疗效果显著。治疗用量按每公斤鸡1克饮水3天。预防或一般性治疗按每公斤水加1克供其自由饮用;严重感染时每公斤水2-3克药粉兑水饮之。也可按每100公斤饲料用药25-30克拌料投喂。
(6)硫酸钠辅助治疗法。本方法适用于小肠球虫病的后期，肠腔内充满脓血时，此法优于单一使用抗球虫药治疗。用法：每1000羽鸡用硫酸钠500克饮水3-5天，重症者可口灌服2次。目的是迅速将肠内脓血排除，以利药物被充分吸收而发挥疗效。